U malých detí môže v prípade hormonálnej abnormality liečba pozostávať z injekcií Testosterón, ktorých dávkovanie a pravidelnosť určuje endokrinológ. Táto dobre dodržaná liečba zvyšuje veľkosť penisu. Keď je mikropenis spôsobený tkanivami penisu, ktoré sú necitlivé na testosterón, táto hormonálna liečba nemá žiadny účinok.

Čím skôr sa mikropenis zistí, tým rýchlejšie bude liečba zahájená, tým bude účinnejšia. Liečba môže byť tiež potrebná okolo puberty. Po puberte už hormonálna liečba nie je účinná, pretože tkanivá už nereagujú rovnako.

Chirurgická liečba mikropenisu     

V dospelosti, keď mikropenis nebol ošetrený alebo keď liečba nebola dostatočne účinná, chirurgia je možné. Nie vždy však prináša presvedčivé výsledky.

Časť väziva odkladný penisu, ktorý prechádza z penisu do pubisu, môže byť ponúknutý. V žiadnom prípade nemení penis, ale čiastočne ho oddeľuje od pubisu, čím sa zdá byť dlhší. Pozorovaný zisk je 1 až 2 cm v ochabnutom stave a 1,7 cm v erekcii. Toto predĺženie sa dosahuje za cenu nestabilného vztýčeného penisu, pretože je menej dobre prichytený k pubisu, čo môže prienik menej uľahčiť.

THEautológna injekcia tuku zahŕňa vpichnutie tuku subjektu pod kožu jeho penisu. Penis to nijako nepredĺži, ale opticky ho zahustí. Iba časť vloženého tuku telo časom neabsorbuje (10 až 50% v závislosti od subjektu). Resorpcia môže byť nerovnomerná a môže viesť k vzhľadu penisu „ruženca“.

Mikropenis môže mať významné psychologické dôsledky, obzvlášť v období dospievania je dôležité, aby sa človeku pomohlo a zohľadnili sa jeho pochybnosti.